Parafię erygował w 1406 r. biskup poznański Wojciech Jarzębiec z części parafii Św. Anny w Warszawie-Wilanowie. Parafia w Zerzniu należy do jednych z najstarszych w obrębie dzisiejszej Warszawy.

W roku 1403 ówcześni właściciele tych terenów (rodzina Zerzyńskich herbu Kościesza) wybudowali drewniany kościół. Parafia Zerzeń znajdowała się na terenie archidiakonatu czerskiego, potem warszawskiego, będącego wielką enklawą należącą do Diecezji Poznańskiej. W miarę rozwoju tych terenów oddzielano poszczególne wioski od parafii Zerzeń (w 1445 r. oddzielono m.in. Długą Kościelną, Długą Szlachecką, Siedliska, Żurawia. W 1580 r. do parafii należało 12 wsi: Zerzeń, Borków, Grabie, Miłoszyn, Janówko, Wiązowna, Zastów, Boryszew, Góraska, Płachta, Dziechciniec, Wólka Zerzeńska). W roku 1603 r. biskup poznański Wawrzyniec Goślicki wizytował parafię. Obok drewnianego kościoła stała plebania, budynek szkółki parafialnej, przytułek dla chorych i starców oraz karczma. Podczas najazdu Szwedów (1656 r.) zniszczona została drewniana świątynia i wszystkie budowle.

W 1739 r. z nieznanych przyczyn drewniany kościół uległ spaleniu. Przystąpiono natychmiast do budowy nowego, o bardzo prostej konstrukcji. W roku 1798 Stolica Apostolska erygowała Diecezję Warszawską. Z pierwszej wizytacji biskupa warszawskiego (1801 r.) wynika, że do parafii należały osady: Zastów, Zbytki, Las, Zerzeń, Borków, Zagóźdź, Miedzeszyn, Błota, Falenica, Nowa Wieś. W roku 1880 z inicjatywy proboszcza Zerznia, Ks. Aleksandra Kubina rozpoczęto starania o budowę murowanej świątyni. Projektantem był architekt inż. Konstanty Wojciechowski. 10 czerwca 1888 r. sufragan warszawski Bp Kazimierz Ruszkiewicz dokonał konsekracji nowej świątyni. W roku 1884 tereny parafii nawiedziła wielka powódź. W obawie przed kolejną Ks. Aleksander Kubin przeniósł cmentarz grzebalny z terenu kościelnego „na wydmy” (przy ul. Cylichowskiej). 13 września 1944 roku zbombardowano kościół parafialny, zniszczenia sięgnęły 80% całej substancji. Dzisiejsza bryła kościoła w stylu neogotyckim jest rekonstrukcją projektu z XIX wieku.

Od roku 1945 rozpoczęto odbudowę kościoła (powstał komitet odbudowy kościoła powołany przez ówczesnego proboszcza Ks. Juliana Budziszewskiego, a kontynuacji podjął się następny proboszcz, Ks. Józef Zagziłł z parafianami). Odbudowa do stanu surowego trwała do roku 1950, wieżę kościoła odbudowano w 1976 r. W 1977 r. odbudowany kościół wpisano do rejestru zabytków.

W roku 2006 parafia obchodziła jubileusz 600-lecia erygowania. Po 2005 r. wykonano gruntowny remont zabytkowej świątyni (izolacja pozioma i pionowa murów fundamentowych kościoła, nowe ogrzewanie, iluminacja zewnętrzna; malowanie wnętrza, obłożenie naturalnym kamieniem przyziemia murów kościoła, gruntowny remont organów).

Tablica chronologiczna najważniejszych wydarzeń

Wiek	Rok	Wydarzenia
XV	1403	Budowa drewnianego kościoła w Zerzeniu
	1406	Erygowanie parafii Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny przez biskupa poznańskiego Wojciecha Jastrzębca
	1445	Z parafii Zerzeń dla nowej parafii oddzielono wsie: Długa Kościelna, Długa Szlachecka i Żórawia
XVI	1599	Z parafii Zerzeń dla nowej parafii wydzielono wsie: Wiązowna, Dzieciniec, Goraska (Góraszka) i Płachta
XVII	1603	Wizytacja biskupa poznańskiego Wawrzyńca Gorlickiego. Pierwsza informacja o istnieniu szkoły w Zerzeniu
	5.XI.1617	Wizytacja biskupa poznańskiego W. Piaseckiego w parafii Zerzeń
	1622	Proboszcz Zerzenia otrzymuje  darowiznę od Wawrzyńca Podolskiego w postaci gruntu w Zerzeniu
	1739	Pożar drewnianego kościoła w Zerzeniu
XIX	1888	Zakończenie budowy murowanego kościoła pod wezwaniem Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny
XX	1917	Konfiskata dzwonów i naczyń liturgicznych w zerzeńskim kościele
	1923	Wybudowano dom parafialny w Zerzeniu
	1925	Jedno pomieszczenie w domu parafialnym oddano szkole
	12.VIII.1941	Nakaz oddawania na złom dzwonów kościelnych
	1950-1976	Odbudowa zniszczonego w 1944 r. kościoła Wniebowzięcia NMP w Zerzeniu
	1973	Zrekonstruowana po II wojnie światowej świątynia wg. planów z roku 1880 zostaje wpisana do rejestru zabytków
XXI	2006	Rok Jubileuszowi Parafii (600 lecie erygowania Parafii przez biskupa poznańskiego Wojciecha Jastrzębca)
	5.III. 2006	Uroczysta msza święta na rozpoczęcie Jubileuszu 600-lecia celebrowana przez J.E. ks. bpa Kazimierza Romaniuka
	10.VI.2006	Festyn rodzinny na polach plebańskich
	15.VIII.2006	Odpust parafialny, festyn na polu plebańskim oraz otwarcie wystawy jubileuszowej przygotowanej przez Parafian
	23.IX.2006	Uroczyste włączenie iluminacji zewnętrznej kościoła parafialnego ze spektaklem historycznym światło-dźwięk.
	24.IX.2006	Uroczysta msza dziękczynna z okazji 600-lecia erygowania parafii celebrowana przez J.E. ks. Abpa Sławoja Głódzia
	03.XI.2006	Dekret erygujący parafię p.w. Św. Karola Boromeusza w osiedlu Las (wydzielenie z parafii Zerzeń)
	10.XII.2006	Śmierć ks. prał. Mariana Mireckiego, długoletniego proboszcza parafii i pogrzeb w dniu 13.XII.2006
	28.02.2008	Decyzja o wpisaniu do rejestru zabytków ośmiu nagrobków przy kościele (pozostałość dawnego cmentarza)
	11.XII.2008	Dekret erygujący parafię p.w. Dobrego Pasterza w osiedlu Miedzeszyn (wydzielenie z parafii Zerzeń)
	2007-2010	Przeprowadzenie gruntownego remontu kościoła (izolacja pionowa i pozioma murów świątyni, instalacja ogrzewania gazowego, malowanie wnętrza kościoła) i plebanii
	Od 2004	Trwa procedura uzyskania pozwolenia na poszerzenie cmentarza parafialnego przy ul. Cylichowskiej